ペプチドリームは、特殊環状ペプチドの創薬探索技術（PDPS）で創出した医薬品候補に関し、世界有数の技術を持つ企業と手を組み、動物試験や臨床試験にも関与する戦略的提携を推進していく。従来、製薬企業が厳選した標的分子に対し、同社がPDPSを用いて候補化合物を創出し、その後の非臨床の動物試験、臨床試験については、製薬企業が担当していたため、川下での研究開発をコントロールするのが難しいという課題があった。戦略的提携による他社との共同開発では、動物試験以降も同社が技術や資金を提供し、間接的ではあるが関与していく構え。既に6社・団体と契約を締結し、戦略的提携によるプロジェクトが進行している。
同社は国内外の製薬18社と特殊ペプチドに関する創薬共同研究開発契約を結び、標的分子に対する特殊ペプチド、標的分子に活性が認められる特殊ペプチドを低分子化するアプローチで創薬に挑戦している。ヤンセンや独バイエルと結んだ契約では、ペプチド低分子薬物複合体（PDC）、診断薬、バイオイメージング、農薬といった多岐にわたる分野での活用も視野に入れており、契約の形態が変わりつつある。昨年末時点で82のプログラムが進行中、リード化合物まで到達したのが29化合物、前臨床試験対応化合物が8化合物、臨床候補化合物が3化合物、第I相試験が1化合物となっている。
