厚生労働省医薬食品局の2014年度予算案は、前年度比3・4%減となる86億9600万円となった。政府の「日本再興戦略」を具体化するための「新しい日本のための優先課題推進枠」に、薬局・薬剤師を活用した健康情報拠点の推進や、インターネット上での違法な医薬品販売サイトの監視強化、希少疾病用医薬品の開発・審査を迅速化するためのデータベース整備事業などが盛り込まれた。
予算案は、[1]医療関連イノベーションの一体的推進(推進枠:8億5900万円)[2]予防・健康管理の推進等(推進枠:2億7900万円)[3]医薬品・医療機器・再生医療製品の承認審査の迅速化(16億9200万円)[4]医薬品・医療機器・再生医療製品の安全対策の推進(11億1600万円)[5]適切な承認審査や安全対策のあり方等に関する研究(レギュラトリーサイエンス研究等)の推進(10億2600万円)[6]脱法ドラッグなどの薬物乱用対策の推進(3億0900万円)[7]血液製剤対策の推進(1億2700万円)――の7本が柱。